Hi!
Tớ đã học vài buổi về các kỹ thuật dùng trong lab cho proteomics rồi. Nhưng mà đến phần phổ khối lượng ghép nối thì đầu óc tớ kiểu như…đơ luôn ấy.
Tớ thấy mình hiểu kha khá về phổ khối lượng: Phun điện hoặc laser ion hoá và tạo thành dạng khí dung dung dịch peptide, rồi nó đi vào MS1 để đo m/z ban đầu của peptide. Sau đó peptide đi vào cell va chạm với khí trơ và bị phá vỡ thành các mảnh b hoặc y, và những mảnh này đi vào MS2 để đo m/z của chúng.
Nhưng mà tớ chẳng biết bắt đầu từ đâu khi nhìn vào phổ mà nó tạo ra cả. Tớ có kèm hình từ sách của tớ ở dưới đây, nó cho thấy phổ như thế nào.
Câu hỏi đầu tiên của tớ là, vì m/z nằm trên trục hoành – thì z là gì vậy? Khi peptide bị ion hoá, nó mang điện tích gì? Có phải tất cả các mảnh peptide đều mang cùng một điện tích không? Điện tích có khác nhau tuỳ kích thước không? Tớ có cần phải lo lắng về điện tích này khi nhìn vào phổ không?
Nếu chỉ có khối lượng trên trục x thì rõ ràng là mình có thể tìm ra trình tự bằng cách nhìn vào khối lượng phân tử (MW) ban đầu của peptide và MW của mảnh gần nhất với MW này, rồi tìm ra amino acid nào đã bị “mất” bằng cách nhìn vào sự khác biệt về MW.
Điều làm tớ càng khó hiểu hơn nữa là khái niệm ion b và y. Điều này có nghĩa là ta có thể có cả mảnh của ví dụ như 3 amino acid đầu tiên hoặc 3 amino acid cuối cùng trong chuỗi. Chẳng phải điều này càng làm khó việc tìm ra trình tự thực tế hơn sao?
Tớ mong các cậu có thể giúp tớ hiểu rõ hơn cách giải thích những phổ này. Như mọi khi, cảm ơn các cậu rất nhiều vì bất cứ sự giúp đỡ nào.