Chào mọi người,
Tôi nhận thấy rằng collagenase bán trên thị trường mô tả hoạt tính bằng đơn vị enzyme (U), thường được chuẩn hóa theo khối lượng enzyme được sử dụng, hoặc hoạt tính riêng (U/mg). Tôi muốn chuyển đổi thông số này thành thứ gì đó liên quan hơn đến động học kiểu Michaelis-Menton, đặc biệt là số vòng quay (k_cat). Lúc đầu, tôi rất bối rối bởi định nghĩa đơn vị này, 1 U là hoạt tính chuyển đổi 1 mol cơ chất thành sản phẩm trong 1 phút trong điều kiện thử nghiệm rất chính xác. Vì vậy, tôi đã đi sâu vào việc tìm hiểu các điều kiện thử nghiệm, được mô tả trong Wünsch và Heidrich (1963). Bài báo bằng tiếng Đức (mà tôi không nói hoặc đọc) và dường như sử dụng một số đơn vị phi-SI bí truyền (như γ thay vì μg), nhưng tôi nghĩ tôi hiểu nồng độ collagenase và cơ chất là bao nhiêu, và tổng thể tích của hỗn hợp phản ứng là bao nhiêu, điều này cho phép tôi tiếp tục tính toán của mình.
Giả sử cơ chất dư thừa, động học Michaelis-Menton sẽ đơn giản là phương trình bậc không:
d[P]/dt = k_cat * [E]
Trong đó [E] là nồng độ của chất phản ứng và [P] là sản phẩm của phản ứng. Định nghĩa đơn vị không sử dụng nồng độ và V là hằng số, vì vậy nhân phương trình này với V ở cả hai vế sẽ cho:
d(V * [P])/dt = k_cat * [E] * V
Vế trái là lượng sản phẩm được tạo ra trên một đơn vị thời gian. Điều này sẽ là hoạt tính riêng (A, tính bằng U / mg) do nhà sản xuất báo cáo nhân với khối lượng enzyme (m_E) trong thử nghiệm (A * m_E). Tương tự, nồng độ enzyme là khối lượng enzyme (m_E) trên khối lượng mol của enzyme (M_E) trên thể tích (V). Gắn tất cả điều này vào phương trình này cho tôi một biểu thức đơn giản một cách lừa dối cho k_cat theo hoạt tính được báo cáo và khối lượng mol của enzyme:
k_cat = A * M_E
Ý tôi là… các đơn vị hoạt động. Tôi cho rằng tôi có một vài câu hỏi:
-
Tại sao mọi người sử dụng đơn vị enzyme mà *không* phải là các thông số Michaelis-Menton?
-
‘Suy luận’ này có ý nghĩa không? Tôi gần như chắc chắn rằng tôi đang bỏ lỡ điều gì đó, nhưng tôi không biết chính xác đó là gì.
-
Tôi không chắc mình đã dịch chính xác từ Wünsch và Heidrich về lượng collagenase (có vẻ như từ 2 đến 70 μg trong 0,5 mL) và cơ chất (có vẻ như 10 mg trong 10 mL, sau đó họ chỉ sử dụng 2 mL cho thử nghiệm) được sử dụng trong phản ứng.